章緒論1

節(jié)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)在生理方而的研究／1

一、系統(tǒng)生物學(xué)／1

二、細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)／2

三、基于模塊性質(zhì)的細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)研究／4

四、細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)比較研究／6

五、復(fù)雜疾病標(biāo)志物／7

六、代謝網(wǎng)絡(luò)逆向工程／1O

七、網(wǎng)絡(luò)狀態(tài)變化與疾病預(yù)測(cè)／14

第二節(jié)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)在社會(huì)方面的研究背景及現(xiàn)狀／16

一、社會(huì)網(wǎng)絡(luò)理論／17

二、社會(huì)網(wǎng)絡(luò)理論的主要研究方法／19

第三節(jié)該項(xiàng)目的主要研究?jī)?nèi)容／21

一、研究方法／21

二、主要內(nèi)容和創(chuàng)新點(diǎn)／21

三、存在的問(wèn)題廈應(yīng)對(duì)策略／23

第二章復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)基本理論25

節(jié)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)的特征／27

網(wǎng)絡(luò)圖論／27

二、度和度的分布／28

三、網(wǎng)絡(luò)直徑和短路徑長(zhǎng)度／28

四、聚類系數(shù)／29

五、介數(shù)中心度／30

六、同配性與異配性／30

七、社區(qū)化結(jié)構(gòu)／30

八、分形結(jié)構(gòu)／31

九、k-Core結(jié)構(gòu)／32

第二節(jié)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)基本模型／32

一、規(guī)則網(wǎng)絡(luò)模型／32

二、無(wú)規(guī)則網(wǎng)絡(luò)模型／33

三、復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)模型／34

第三章代謝網(wǎng)絡(luò)的重構(gòu)37

節(jié)背景介紹／37

一、網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)的確定／38

二、生化反應(yīng)方向的確定／38

第二節(jié)構(gòu)造魚(yú)腥藻代謝網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)及方法／38

一、代謝反應(yīng)數(shù)據(jù)／39

二、反應(yīng)與酶的關(guān)系／39

三、酶與基因的關(guān)系／40

第三節(jié)代謝網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)／40

第四節(jié)代謝網(wǎng)絡(luò)／41

一、初步代謝網(wǎng)絡(luò)／41

二、代謝網(wǎng)絡(luò)的修正／42

三、反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)／44

四、酶網(wǎng)絡(luò)／44

第五節(jié)魚(yú)腥藻代謝網(wǎng)絡(luò)／45

……

第四章基于代謝網(wǎng)絡(luò)逆向工程的結(jié)腸癌研究／48

第五章基于網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)篩選結(jié)腸癌標(biāo)志物／58

第六章以超市數(shù)據(jù)為例的網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)演化過(guò)程研究／70

第七章以感冒病毒感染為例的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)演化研究／80

第八章基于基尼系數(shù)的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)洞測(cè)量／90

第九章網(wǎng)絡(luò)冗余與進(jìn)化的關(guān)系研究／99

第十章基于可見(jiàn)圖的采樣頻率時(shí)間序列的相關(guān)性研究／109

總結(jié)與展望／128

參考文獻(xiàn)／131

附錄／151