生物信息學(xué) 基礎(chǔ)及應(yīng)用
定 價(jià):29 元
- 作者:王舉,王兆月,田心,等 著
- 出版時(shí)間:2014/12/1
- ISBN:9787302365532
- 出 版 社:清華大學(xué)出版社
- 中圖法分類:Q811.4
- 頁碼:182
- 紙張:膠版紙
- 版次:1
- 開本:16K
《生物信息學(xué) 基礎(chǔ)及應(yīng)用》簡要介紹生物信息學(xué)的發(fā)展歷史、主要研究領(lǐng)域及應(yīng)用前景,并重點(diǎn)講述生物信息學(xué)的基本知識(shí)點(diǎn)和基本技術(shù)、方法,生物分子信息數(shù)據(jù)庫的類型及應(yīng)用,復(fù)雜疾病的生物信息學(xué)研究思路、方法和典型應(yīng)用實(shí)例。每個(gè)知識(shí)單元均包括生物信息學(xué)基礎(chǔ)知識(shí)點(diǎn)、應(yīng)用生物信息學(xué)的基本方法、數(shù)據(jù)庫和計(jì)算機(jī)軟件,并通過生物信息學(xué)的典型應(yīng)用案例培養(yǎng)學(xué)生分析問題、解決問題的能力。
《生物信息學(xué) 基礎(chǔ)及應(yīng)用》共分8章。第1章為緒論,主要介紹生物信息學(xué)發(fā)展的歷史、當(dāng)前主要的研究方向及應(yīng)用,尤其是在醫(yī)學(xué)研究中的應(yīng)用前景。第2章介紹常用的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫以及相應(yīng)的數(shù)據(jù)檢索方法,重點(diǎn)講述核酸序列數(shù)據(jù)庫、蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫以及典型數(shù)據(jù)庫的格式和使用方法。第3章介紹核酸和蛋白質(zhì)序列的比對(duì)方法及應(yīng)用,著重講述雙序列比對(duì)的原理和常用工具。第4章和第5章分別介紹核酸序列分析和基因組注釋的主要內(nèi)容、方法及工具。第6章和第7章則分別介紹從蛋白質(zhì)序列分析其基本理化性質(zhì)、結(jié)構(gòu)和功能的方法及其在研究中的應(yīng)用。第8章介紹生物信息學(xué)在人類復(fù)雜疾病的分子機(jī)理研究中的作用、主要方法和工具。
《生物信息學(xué) 基礎(chǔ)及應(yīng)用》是面向醫(yī)學(xué)和生物學(xué)背景的本科生的生物信息學(xué)教材,也可供相關(guān)專業(yè)科研人員參考。
1.1生物信息學(xué)的產(chǎn)生與發(fā)展
1.2生物信息學(xué)的研究目的與研究內(nèi)容
1.2.1生物信息學(xué)研究目的
1.2.2生物信息學(xué)研究內(nèi)容
1.3生物信息學(xué)在醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用
1.3.1鑒定單基因疾病的關(guān)鍵致病基因
1.3.2研究人類復(fù)雜疾病的發(fā)生機(jī)理
第2章分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫
2.1概述
2.2核酸序列數(shù)據(jù)庫
2.2.1GenBank數(shù)據(jù)庫
2.2.2歐洲核酸檔案
2.3蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫
2.3.1PIR數(shù)據(jù)庫
2.3.2SwissProt數(shù)據(jù)庫
2.3.3UniProt數(shù)據(jù)庫
2.4蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫
2.4.1蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB
2.4.2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫SCOP
2.4.3蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫DSSP
2.5其他分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫
第3章序列比對(duì)
3.1序列比對(duì)基礎(chǔ)
3.1.1序列比對(duì)的分類
3.1.2序列的相似性
3.1.3序列比對(duì)的打分矩陣
3.1.4序列比對(duì)的空位罰分
3.2雙序列比對(duì)
3.2.1概述
3.2.2點(diǎn)陣法
3.2.3動(dòng)態(tài)規(guī)劃法
3.2.4BLAST算法
3.3多序列比對(duì)
3.3.1概述
3.3.2SP模型
3.3.3動(dòng)態(tài)規(guī)劃法
3.3.4星形比對(duì)算法
3.3.5CLUSTAL W算法
第4章核酸序列分析
4.1DNA序列信息分析
4.1.1DNA序列的基本信息
4.1.2DNA序列的特征信息
4.2基因組結(jié)構(gòu)注釋分析
4.2.1重復(fù)序列分析
4.2.2基因識(shí)別
4.3RNA序列分析
4.3.1mRNA可變剪接分析
4.3.2miRNA與靶基因預(yù)測分析
第5章基因組功能注釋分析
5.1基因組注釋的基礎(chǔ)知識(shí)
5.1.1基因組的組裝版本
5.1.2基因組的坐標(biāo)系統(tǒng)
5.1.3基因組注釋常用格式
5.1.4基因組坐標(biāo)的邏輯運(yùn)算模式
5.2基因組功能注釋的準(zhǔn)備工作
5.2.1基因組組裝版本間的坐標(biāo)轉(zhuǎn)換
5.2.2常用格式間的轉(zhuǎn)換
5.2.3基因組坐標(biāo)的邏輯運(yùn)算
5.3基因組功能的高級(jí)注釋
5.3.1基因組變異位點(diǎn)的注釋
5.3.2基因集富集分析
5.3.3制作序列標(biāo)識(shí)
5.3.4基因組功能注釋分析平臺(tái)
第6章蛋白質(zhì)序列信息分析
6.1蛋白質(zhì)序列的基本信息分析
6.1.1蛋白質(zhì)的氨基酸組成分析
6.1.2蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)分析
6.1.3蛋白質(zhì)的親疏水性分析
6.2蛋白質(zhì)序列的特征信息分析
6.2.1蛋白質(zhì)的跨膜區(qū)分析
6.2.2蛋白質(zhì)的信號(hào)肽分析
6.2.3蛋白質(zhì)的卷曲螺旋分析
6.3蛋白質(zhì)序列的功能信息分析
6.3.1基于蛋白質(zhì)基序的功能分析
6.3.2蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)分析
6.3.3基于蛋白質(zhì)同源性的功能分析
第7章蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析
7.1蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測
7.1.1ChouFasman方法
7.1.2GOR(GarnierOsguthorpeRobson)方法
7.1.3PHD預(yù)測方法
7.1.4NNSSP預(yù)測方法
7.1.5多元預(yù)測方法
7.2蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)預(yù)測
7.2.1同源建模方法(homology modeling)
7.2.2串線法(threading)
7.2.3從頭預(yù)測(ab initio)方法
第8章生物信息學(xué)與人類復(fù)雜疾病
8.1人類復(fù)雜疾病及其分子機(jī)理
8.1.1人類疾病及復(fù)雜疾病
8.1.2復(fù)雜疾病發(fā)生的分子機(jī)理
8.2復(fù)雜疾病的分子機(jī)理分析
8.2.1基因芯片技術(shù)及數(shù)據(jù)分析
8.2.2蛋白質(zhì)組學(xué)和蛋白質(zhì)表達(dá)分析
8.2.3轉(zhuǎn)錄調(diào)控的高通量分析
8.2.4高通量基因分型分析
8.3復(fù)雜疾病與生物分子網(wǎng)絡(luò)
8.3.1典型的生物分子網(wǎng)絡(luò)簡介
8.3.2復(fù)雜生物分子網(wǎng)絡(luò)的分析與構(gòu)建
參考文獻(xiàn)