第一章　概述/ 1
一、 分子生藥學(xué)的產(chǎn)生與發(fā)展 / 1
二、 分子生藥學(xué)的主要內(nèi)容 / 2
三、 分子生藥學(xué)的內(nèi)涵與外延 / 3
第二章　基因與基因組/ 5
第一節(jié)　基因/ / 5
一、 基因的結(jié)構(gòu) / 5
二、 基因的種類 / 7
三、 基因表達(dá)和遺傳信息的傳遞 / 8
第二節(jié)　基因組/ /11
一、 真核生物基因組的分類 /11
二、 基因組的結(jié)構(gòu)組成 /13
三、 基因家族 /14
第三節(jié)　數(shù)量遺傳學(xué)/ /15
一、 數(shù)量遺傳學(xué)研究方法 /15
二、 全基因組關(guān)聯(lián)分析 /16
第三章　主要通用技術(shù)與生物信息學(xué)/18
第一節(jié)　DNA 分子標(biāo)記技術(shù)/ /18
一、 DNA 分子標(biāo)記概述 /18
二、 DNA 分子標(biāo)記的類型和特點 /18
第二節(jié)　生物信息學(xué)技術(shù)/ /20
一、 生物信息學(xué)概述 /20
二、 生物信息學(xué)在分子生藥學(xué)中的應(yīng)用 /21
第三節(jié)　堿基測序技術(shù)/ /22
一、 堿基測序技術(shù)的發(fā)展歷程 /22
二、 高通量測序技術(shù)的應(yīng)用 /23
第四節(jié)　蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)/ /25
第五節(jié)　中藥資源研究中的大數(shù)據(jù)平臺/ /26
第四章　中藥資源與分子系統(tǒng)學(xué)/29
第一節(jié)　植物分子系統(tǒng)學(xué)的概念與發(fā)展/ /29
一、 植物分子系統(tǒng)學(xué)的概念和特點 /29
二、 植物分子系統(tǒng)學(xué)的發(fā)展與展望 /31
三、 植物分類系統(tǒng)簡介 /35
第二節(jié)　植物分子系統(tǒng)學(xué)的基礎(chǔ)理論/ /37
一、 植物分子系統(tǒng)學(xué)研究的相關(guān)概念 /37
二、 分子性狀及其分析 /38
三、 系統(tǒng)進(jìn)化樹的重建 /41
四、 物種形成及其判別標(biāo)準(zhǔn) /43
第三節(jié)　中藥資源分子系統(tǒng)研究概況/ /46
一、 藥用植物分子系統(tǒng)研究 /46
二、 藥用動物的分子系統(tǒng)研究 /50
第五章　中藥分子鑒定/54
第一節(jié)　中藥分子鑒定概述/ /54
一、 中藥分子鑒定概況 /54
二、 分子鑒定方法建立前應(yīng)做的準(zhǔn)備 /56
三、 采樣原則 /57
四、 方法學(xué)考察 /57
五、 應(yīng)用示例金銀花配方顆粒的位點特異性PCR 鑒別研究 /57
六、 技術(shù)創(chuàng)新 /59
第二節(jié)　中藥分子鑒定在中藥質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)中的應(yīng)用/ /64
一、 中藥分子鑒定法在中藥質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)中的應(yīng)用現(xiàn)狀 /65
二、 中藥分子鑒定法標(biāo)準(zhǔn)研究技術(shù)策略 /66
第三節(jié)　中藥分子鑒定發(fā)展的挑戰(zhàn)與前景/ /69
一、 中藥系統(tǒng)鑒定 /69
二、 中藥雙分子標(biāo)記鑒定法 /70
三、 藥材生長年限的鑒定 /71
四、 野生與家種（養(yǎng)）藥材的鑒定 /71
五、 中藥快速分子鑒定 /73
六、 中成藥的鑒定 /74
第六章　中藥資源功能基因組研究/75
第一節(jié)　中藥資源功能基因組概述/ /75
一、 功能基因組定義 /75
二、 中藥資源功能基因組的主要研究內(nèi)容 /76
第二節(jié)　中藥資源功能基因組研究/ /77
一、 中藥資源基因組研究 /77
二、 中藥資源轉(zhuǎn)錄組研究 /79
三、 中藥資源代謝組研究 /85
四、 中藥資源表型組研究 /93
第三節(jié)　中藥材分子標(biāo)記輔助育種/ / 101
一、 中藥材分子標(biāo)記輔助育種的研究現(xiàn)狀 / 101
二、 中藥材分子標(biāo)記輔助育種的發(fā)展趨勢 / 103
三、 用于加快中藥材品種選育的研究策略 / 105
第七章　中藥活性成分的生物合成/ 107
第一節(jié)　中藥活性成分合成途徑的代謝類型/ / 107
一、 初生代謝 / 107
二、 次生代謝 / 108
第二節(jié)　中藥活性成分的類型/ / 109
一、 糖類 / 109
二、 苷類 / 110
三、 醌類 / 111
四、 苯丙素類 / 112
五、 萜類 / 113
六、 甾體 / 114
七、 生物堿 / 115
八、 鞣質(zhì) / 116
第三節(jié)　中藥活性成分的主要生物合成途徑 / 116
一、 莽草酸途徑 / 116
二、 甲羥戊酸途徑和脫氧木酮糖磷酸酯途徑 / 124
三、 氨基酸途徑 / 127
四、 其他途徑 / 130
第四節(jié)　中藥活性成分的生物合成研究展望/ / 133
一、 生物合成相關(guān)酶的研究 / 133
二、 生物轉(zhuǎn)化與組合生物轉(zhuǎn)化 / 134
三、 代謝工程 / 134
四、 合成生物學(xué) / 135
第八章　藥用植物次生代謝與調(diào)控/ 136
第一節(jié)　藥用植物次生代謝調(diào)控策略/ / 136
一、 藥用植物次生代謝調(diào)控特點 / 136
二、 個體水平的調(diào)控及應(yīng)用 / 137
三、 細(xì)胞水平的調(diào)控及應(yīng)用 / 140
四、 分子水平的調(diào)控及應(yīng)用 / 142
第二節(jié)　藥用植物次生代謝調(diào)控研究實例/ / 147
一、 紫杉醇生物合成調(diào)控 / 147
二、 長春堿生物合成調(diào)控 / 151
三、 人參皂苷生物合成調(diào)控 / 154
四、 丹參酮及丹酚酸生物合成調(diào)控 / 156
第九章　中藥材生產(chǎn)過程中的生物學(xué)原理/ 163
第一節(jié)　中藥材生產(chǎn)過程概述 / / 163
第二節(jié)　藥用植物生長發(fā)育的分子調(diào)控機(jī)制/ / 164
一、 藥用植物的生長發(fā)育 / 164
二、 環(huán)境因素的影響 / 171
三、 中藥材的采收期 / 181
第三節(jié)　中藥材品質(zhì)的形成及調(diào)控技術(shù)/ / 182
一、 遺傳因素的影響 / 183
二、 環(huán)境因素的影響 / 184
三、 種植及采收加工技術(shù)的影響 / 184
四、 提高中藥材品質(zhì)的途徑 / 185
第四節(jié)　中藥材產(chǎn)量的形成及調(diào)控/ / 186
一、 中藥材產(chǎn)量的形成 / 186
二、 中藥材產(chǎn)量形成的影響因素 / 186
三、 提高中藥材產(chǎn)量的途徑 / 187
第十章　藥用植物與微生物的互作關(guān)系/ 189
第一節(jié)　藥用植物與微生物互作關(guān)系概述/ / 189
一、 共生關(guān)系 / 189
二、 互生關(guān)系 / 191
三、 寄生關(guān)系 / 192
第二節(jié)　有益微生物對藥用植物的影響/ / 193
一、 提高栽培藥用植物的產(chǎn)量 / 193
二、 對藥用植物活性成分的影響 / 194
三、 促進(jìn)種子萌發(fā) / 194
四、 抗栽培藥用植物的病害 / 195
五、 增強(qiáng)栽培藥用植物的抗非生物脅迫能力 / 195
第三節(jié)　影響藥用植物與微生物互作關(guān)系的因素/ / 195
一、 根際分泌物的影響 / 195
二、 植物種類的影響 / 196
三、 微生物種類的影響 / 196
四、 土壤條件的影響 / 197
第四節(jié)　植物與微生物互作的分子基礎(chǔ)/ / 198
一、 植物與病原菌互作的分子基礎(chǔ) / 198
二、 植物與叢枝菌根真菌互作的分子基礎(chǔ) / 200
三、 植物與根瘤菌共生的分子基礎(chǔ) / 202
四、 參與植物與微生物互作的信號物質(zhì) / 203
第十一章　藥材道地性及其生物學(xué)成因/ 209
第一節(jié)　道地藥材的概念及屬性/ / 209
一、 道地藥材概述 / 209
二、 道地藥材的形成假說 / 210
三、 道地藥材的優(yōu)形優(yōu)質(zhì)特征 / 212
第二節(jié)　道地藥材優(yōu)形優(yōu)質(zhì)特征形成的遺傳機(jī)制/ / 213
一、 遺傳變異機(jī)制 / 213
二、 研究方法及研究現(xiàn)狀 / 219
三、 應(yīng)用實例 / 221
第三節(jié)　道地藥材優(yōu)形優(yōu)質(zhì)特征的統(tǒng)一性/ / 223
一、 研究現(xiàn)狀 / 223
二、 研究展望 / 224
第十二章　中藥活性成分的異源生產(chǎn)/ 226
第一節(jié)　中藥活性成分異源生產(chǎn)概述/ / 226
第二節(jié)　中藥活性成分異源生產(chǎn)方法/ / 227
一、 中藥活性成分異源生產(chǎn)宿主選擇 / 227
二、 中藥活性成分微生物系統(tǒng)合成策略 / 230
三、 中藥活性成分植物系統(tǒng)合成策略 / 233
第三節(jié)　植物天然產(chǎn)物異源生產(chǎn)的應(yīng)用/ / 237
一、 萜類 / 237
二、 生物堿 / 238
三、 苯丙素類 / 239
第四節(jié)　植物天然產(chǎn)物異源生產(chǎn)研究案例/ / 243
一、 利用釀酒酵母生產(chǎn)丹參酮類化合物 / 243
二、 在大腸桿菌內(nèi)合成蒂巴因 / 244
三、 以植物作為底盤生產(chǎn)紫杉醇 / 246
第十三章　藥用植物多倍體育種/ 250
第一節(jié)　多倍體的概念及其在自然界的發(fā)生與分布/ / 250
一、 多倍體的概念與分類 / 250
二、 藥用植物多倍體及其研究的意義 / 251
第二節(jié)　多倍體植物的特點/ / 252
第三節(jié)　多倍化促進(jìn)新表型性狀產(chǎn)生的分子機(jī)制/ / 254
一、 多倍化導(dǎo)致染色體數(shù)目與基因組結(jié)構(gòu)變異 / 254
二、 基因的丟失、沉默和激活 / 254
三、 多倍化對染色質(zhì)表觀遺傳修飾的影響 / 255
四、 多倍化可引起廣泛的轉(zhuǎn)錄調(diào)控變異 / 256
五、 植物多倍體蛋白質(zhì)組學(xué)研究 / 256
六、 植物多倍體研究展望 / 257
附錄　常用名詞術(shù)語漢英對照/ 259
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