《御賜小仵作》講述了來自蘇州紫竹縣仵作世家的少女楚楚，為實現(xiàn)當仵作的夢想獨自來到京城闖蕩，參加仵作考試，遇到斷案如神的安郡王蕭瑾瑜和大理寺少卿景翊。蕭瑾瑜招收楚楚作為仵作搭檔一起探案，他們聯(lián)手解決的第一個案子便是牽扯了京城幾位權(quán)貴公子的命案。完美揭秘案件后，楚楚請求皇上將王爺蕭瑾瑜賞賜給她，楚楚也因此成為了御賜王妃。隨后，蕭瑾瑜與楚楚一同離京，回到蘇州紫竹縣向她的家人提親。這一路上，他們又破獲了縣令為解一時之氣謀殺夫人的案件以及與多年前被迫害離京的吳郡王蕭玦有關(guān)的連環(huán)殺人案，楚楚高超的仵作能力為蕭瑾瑜的斷案提供了巨大的幫助。在紫竹縣，蕭瑾瑜與楚楚成親，宴請街坊鄉(xiāng)鄰，有情人終成眷屬。此時，北方軍營里又有案件傳來，蕭瑾瑜與楚楚又一同踏上了前往涼州的路途，在涼州軍營，他們攜手破獲了將領(lǐng)通敵案，肅清了軍營奸細，保北方邊境安寧。

此案破后，他們回到京城，皇上任命蕭瑾瑜擔任此次科考的主考官。盡管萬分不舍，蕭瑾瑜只好與楚楚暫別，和師父薛太師一同住在貢院內(nèi)監(jiān)考�？忌�自殺，貢院命案又起，不放心蕭瑾瑜的楚楚趕到貢院。在楚楚的幫助下，蕭瑾瑜又成功破獲此起案件，抓住了謀害考生的兇手，平息了眾考生的憤怒。最后，其實蕭瑾瑜的身世牽扯著一樁陳年舊案，多年前，在蕭瑾瑜剛出生時陷害他生父致死的就是他一直敬重的薛太師，誣陷蕭玦，使其癱瘓離京的也是薛太師。在和楚楚、景翊、景翊的夫人冷月、蕭玦等人的精密策劃下，他們扳倒了老謀深算的薛太師。伴隨著一個個案件的破解，楚楚和蕭瑾瑜的感情愈發(fā)深厚，他們既在破案中還朝堂清明，實現(xiàn)了自己的人生理想，也收獲了美滿的愛情、寶貴的友情和可愛的兒女。